Ngoài những ưu điểm thì các kênh OTA cũng những hạn chế riêng chứ không thể hoàn hảo. Sau đây là những hạn chế của kênh OTA và giải pháp khác phục:
- Người đăng ký, sử dụng phải biết hoặc đã được đào tạo thì mới có thể đăng ký, sử dụng vận hành được.
- Nhiều kiểu giao diện khác nhau (nếu không sử dụng kênh quản lý Channel Manager)
- Người bán (CSLT) phải trả phần hoa hồng cho đối tác làm giảm doanh thu/lợi nhuận, tăng thêm chi phí của doanh nghiệp: 15% trở lên (Agoda, Traveloka: 20%)
- Rào cản ngôn ngữ làm việc đăng ký mới các kênh OTA làm hạn chế khả năng tiếp cận của các cơ sở lưu trú nhỏ, không có nhân viên có trình độ đặc biệt là nhân viên có khả năng sử dụng ngoại ngữ là Tiếng Anh.
- Giải pháp tránh phụ thuộc vào OTA: Chiến lược thu hút khách đặt phòng trực tiếp (quay lại), có nền tảng đặt phòng trực tiếp (website), bán đa kênh…
- Một số kênh OTA có phần thanh toán tại chỗ nghỉ, nên các đối thủ cạnh tranh có thể lợi dụng để nhờ đánh giá ảo nên có việc cạnh tranh không công bằng.
- Các nền tảng OTA cho phép cơ sở lưu trú tự đánh giá sao (để khách cảm nhận được với mức độ sang trọng) của CSLT tuy nhiên khách hàng sẽ nhầm lẫn giữa tiêu chí xếp hạng sao mà cơ quan quản lý du lịch đưa ra.